El sistema digestivo actúa como órgano de absorción y secreción pero, además, ejerce funciones de regulación hormonal y de defensa. La maduración empieza durante el embarazo y su correcto funcionamiento no se produce hasta, aproximadamente, los 5 años.
La estructura digestiva del bebé está aún inmadura y las funcionalidades irán mejorando poco a poco con el paso del tiempo. Aún así, desde su nacimiento el bebé presenta el reflejo de succión-deglución, que le permitirá coger el pecho y estimular la aparición de la leche materna.
En cuanto al esófago, contiene menor tono muscular y una menor velocidad del tránsito que en los adultos. Esto, unido a la inmadurez del esfínter que separa el esófago del estómago y con un proceso gástrico más lento, son los causantes de la aparición de las regurgitaciones. Éstas irán mejorando con el paso de las semanas y antes de los 6 meses de vida, habrán desaparecido.
Otra característica particular es el rápido tránsito intestinal que se produce en el bebé en comparación con el de los adultos: unas 8h frente a las 15-18h que tendrá en etapas posteriores. Esta característica es a causa de una menor longitud del intestino delgado y de un tránsito más rápido.
A nivel digestivo, la saliva es escasa, prácticamente hasta los 6 meses de edad, cuando la empiezan a producir para deglutir los alimentos semisólidos que se han ido introduciendo en su alimentación. Otros compuestos que facilitan una buena digestión, como las enzimas digestivas o el ácido clorhídrico que crean la acidez del estómago, también son más bajas que en los adultos y no maduran por completo hasta los 3 años de edad.
Su dieta diaria viene marcada por todas estas diferencias en el funcionamiento del sistema digestivo respecto al de niños de mayor edad. La composición de la leche materna y la introducción y orden de los alimentos en su dieta viene marcada, sobre todo, por la maduración del sistema digestivo y la tolerancia de los alimentos por parte del bebé.
La lactancia materna contiene nutrientes como los nucleótidos, β-palmitato o los prebióticos y probióticos, que favorecen el desarrollo y maduración del sistema digestivo y el funcionamiento del aparato gastrointestinal del bebé. Se disminuyen, de este modo, los trastornos gastrointestinales, como diarreas o estreñimiento, provocados por la inmadurez digestiva.